Query-Dependent Banding (QDB) for Faster RNA Similarity Searches

von Nawrocki, Eric P, Eddy, Sean R
Veröffentlicht 2007

Infernal 1.1: 100-fold faster RNA homology searches

von Nawrocki, Eric P., Eddy, Sean R.
Veröffentlicht 2013

Special Focus: Bioinformatics

von Nawrocki, Eric P., Burge, Sarah W.
Veröffentlicht 2013

Computational identification of functional RNA homologs in metagenomic data

von Nawrocki, Eric P., Eddy, Sean R.
Veröffentlicht 2013

Infernal 1.0: inference of RNA alignments

von Nawrocki, Eric P., Kolbe, Diana L., Eddy, Sean R.
Veröffentlicht 2009

Infernal 1.0: inference of RNA alignments

von Nawrocki, Eric P., Kolbe, Diana L., Eddy, Sean R.
Veröffentlicht 2009

Group I introns are widespread in archaea

von Nawrocki, Eric P, Jones, Thomas A, Eddy, Sean R
Veröffentlicht in Nucleic Acids Res (2018)

RNIE: genome-wide prediction of bacterial intrinsic terminators

von Gardner, Paul P., Barquist, Lars, Bateman, Alex, Nawrocki, Eric P., Weinberg, Zasha
Veröffentlicht 2011

VecScreen_plus_taxonomy: imposing a tax(onomy) increase on vector contamination screening

von Schäffer, Alejandro A, Nawrocki, Eric P, Choi, Yoon, Kitts, Paul A, Karsch-Mizrachi, Ilene, McVeigh, Richard
Veröffentlicht in Bioinformatics (2018)

Non-coding RNA analysis using the Rfam database

von Kalvari, Ioanna, Nawrocki, Eric P., Argasinska, Joanna, Quinones-Olvera, Natalia, Finn, Robert D., Bateman, Alex, Petrov, Anton I.
Veröffentlicht in Curr Protoc Bioinformatics (2018)

VADR: validation and annotation of virus sequence submissions to GenBank

von Schäffer, Alejandro A., Hatcher, Eneida L., Yankie, Linda, Shonkwiler, Lara, Brister, J. Rodney, Karsch-Mizrachi, Ilene, Nawrocki, Eric P.
Veröffentlicht in BMC Bioinformatics (2020)

Integrating Membrane Transport with Male Gametophyte Development and Function through Transcriptomics

von Bock, Kevin W., Honys, David, Ward, John M., Padmanaban, Senthilkumar, Nawrocki, Eric P., Hirschi, Kendal D., Twell, David, Sze, Heven
Veröffentlicht 2006

Virus Variation Resource – improved response to emergent viral outbreaks

von Hatcher, Eneida L., Zhdanov, Sergey A., Bao, Yiming, Blinkova, Olga, Nawrocki, Eric P., Ostapchuck, Yuri, Schäffer, Alejandro A., Brister, J. Rodney
Veröffentlicht in Nucleic Acids Res (2017)

Rfam 11.0: 10 years of RNA families

von Burge, Sarah W., Daub, Jennifer, Eberhardt, Ruth, Tate, John, Barquist, Lars, Nawrocki, Eric P., Eddy, Sean R., Gardner, Paul P., Bateman, Alex
Veröffentlicht 2013

NCBI prokaryotic genome annotation pipeline

von Tatusova, Tatiana, DiCuccio, Michael, Badretdin, Azat, Chetvernin, Vyacheslav, Nawrocki, Eric P., Zaslavsky, Leonid, Lomsadze, Alexandre, Pruitt, Kim D., Borodovsky, Mark, Ostell, James
Veröffentlicht in Nucleic Acids Res (2016)

Rfam 13.0: shifting to a genome-centric resource for non-coding RNA families

von Kalvari, Ioanna, Argasinska, Joanna, Quinones-Olvera, Natalia, Nawrocki, Eric P, Rivas, Elena, Eddy, Sean R, Bateman, Alex, Finn, Robert D, Petrov, Anton I
Veröffentlicht in Nucleic Acids Res (2018)

An improved Greengenes taxonomy with explicit ranks for ecological and evolutionary analyses of bacteria and archaea

von McDonald, Daniel, Price, Morgan N, Goodrich, Julia, Nawrocki, Eric P, DeSantis, Todd Z, Probst, Alexander, Andersen, Gary L, Knight, Rob, Hugenholtz, Philip
Veröffentlicht 2012

Rfam: updates to the RNA families database

von Gardner, Paul P., Daub, Jennifer, Tate, John G., Nawrocki, Eric P., Kolbe, Diana L., Lindgreen, Stinus, Wilkinson, Adam C., Finn, Robert D., Griffiths-Jones, Sam, Eddy, Sean R., Bateman, Alex
Veröffentlicht 2009

Rfam: Wikipedia, clans and the “decimal” release

von Gardner, Paul P., Daub, Jennifer, Tate, John, Moore, Benjamin L., Osuch, Isabelle H., Griffiths-Jones, Sam, Finn, Robert D., Nawrocki, Eric P., Kolbe, Diana L., Eddy, Sean R., Bateman, Alex
Veröffentlicht 2011

Rfam 12.0: updates to the RNA families database

von Nawrocki, Eric P., Burge, Sarah W., Bateman, Alex, Daub, Jennifer, Eberhardt, Ruth Y., Eddy, Sean R., Floden, Evan W., Gardner, Paul P., Jones, Thomas A., Tate, John, Finn, Robert D.
Veröffentlicht in Nucleic Acids Res (2014)