Linking Genome to Epigenome

von Yuan, Guo-Cheng
Veröffentlicht 2012

Genomic Sequence Is Highly Predictive of Local Nucleosome Depletion

von Yuan, Guo-Cheng, Liu, Jun S
Veröffentlicht 2008

Recent Progress in Single-Cell Cancer Genomics

von Tsoucas, Daphne, Yuan, Guo-Cheng
Veröffentlicht in Curr Opin Genet Dev (2017)

GiniClust2: a cluster-aware, weighted ensemble clustering method for cell-type detection

von Tsoucas, Daphne, Yuan, Guo-Cheng
Veröffentlicht in Genome Biol (2018)

GiniClust3: a fast and memory-efficient tool for rare cell type identification

von Dong, Rui, Yuan, Guo-Cheng
Veröffentlicht in BMC Bioinformatics (2020)

SpatialDWLS: accurate deconvolution of spatial transcriptomic data

von Dong, Rui, Yuan, Guo-Cheng
Veröffentlicht in Genome Biol (2021)

Epigenetic domains found in mouse embryonic stem cells via a hidden Markov model

von Larson, Jessica L, Yuan, Guo-Cheng
Veröffentlicht 2010

Chromatin States Accurately Classify Cell Differentiation Stages

von Larson, Jessica L., Yuan, Guo-Cheng
Veröffentlicht 2012

The PRC2-binding long non-coding RNAs in human and mouse genomes are associated with predictive sequence features

von Tu, Shiqi, Yuan, Guo-Cheng, Shao, Zhen
Veröffentlicht in Sci Rep (2017)

Haystack: systematic analysis of the variation of epigenetic states and cell-type specific regulatory elements

von Pinello, Luca, Farouni, Rick, Yuan, Guo-Cheng
Veröffentlicht in Bioinformatics (2018)

RESCUE: imputing dropout events in single-cell RNA-sequencing data

von Tracy, Sam, Yuan, Guo-Cheng, Dries, Ruben
Veröffentlicht in BMC Bioinformatics (2019)

Applications of alignment-free methods in epigenomics

von Pinello, Luca, Lo Bosco, Giosuè, Yuan, Guo-Cheng
Veröffentlicht 2014

Statistical assessment of the global regulatory role of histone acetylation in Saccharomyces cerevisiae

von Yuan, Guo-Cheng, Ma, Ping, Zhong, Wenxuan, Liu, Jun S
Veröffentlicht 2006

Passing Messages between Biological Networks to Refine Predicted Interactions

von Glass, Kimberly, Huttenhower, Curtis, Quackenbush, John, Yuan, Guo-Cheng
Veröffentlicht 2013

Predicting chromatin organization using histone marks

von Huang, Jialiang, Marco, Eugenio, Pinello, Luca, Yuan, Guo-Cheng
Veröffentlicht in Genome Biol (2015)

GiniClust: detecting rare cell types from single-cell gene expression data with Gini index

von Jiang, Lan, Chen, Huidong, Pinello, Luca, Yuan, Guo-Cheng
Veröffentlicht in Genome Biol (2016)

Single-cell analysis in cancer genomics

von Saadatpour, Assieh, Lai, Shujing, Guo, Guoji, Yuan, Guo-Cheng
Veröffentlicht in Trends Genet (2015)

A motif-independent metric for DNA sequence specificity

von Pinello, Luca, Lo Bosco, Giosuè, Hanlon, Bret, Yuan, Guo-Cheng
Veröffentlicht 2011

A tiered hidden Markov model characterizes multi-scale chromatin states

von Larson, Jessica L., Huttenhower, Curtis, Quackenbush, John, Yuan, Guo-Cheng
Veröffentlicht 2013

Analysis of chromatin-state plasticity identifies cell-type–specific regulators of H3K27me3 patterns

von Pinello, Luca, Xu, Jian, Orkin, Stuart H., Yuan, Guo-Cheng
Veröffentlicht 2014