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ALP & FALP: C++ libraries for pairwise local alignment E-values

Motivation: Pairwise local alignment is an indispensable tool for molecular biologists. In real time (i.e. in about 1 s), ALP (Ascending Ladder Program) calculates the E-values for protein–protein or DNA–DNA local alignments of random sequences, for arbitrary substitution score matrix, gap costs and...

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Publié dans:Bioinformatics
Auteurs principaux: Sheetlin, Sergey, Park, Yonil, Frith, Martin C., Spouge, John L.
Format: Artigo
Langue:Inglês
Publié: Oxford University Press 2016
Sujets:
Accès en ligne:https://ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4739181/
https://ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26428291
https://ncbi.nlm.nih.govhttp://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btv575
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