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STACAS: Sub-Type Anchor Correction for Alignment in Seurat to integrate single-cell RNA-seq data

SUMMARY: STACAS is a computational method for the identification of integration anchors in the Seurat environment, optimized for the integration of single-cell (sc) RNA-seq datasets that share only a subset of cell types. We demonstrate that by (i) correcting batch effects while preserving relevant...

Ausführliche Beschreibung

Gespeichert in:
Bibliographische Detailangaben
Veröffentlicht in:Bioinformatics
Hauptverfasser: Andreatta, Massimo, Carmona, Santiago J
Format: Artigo
Sprache:Inglês
Veröffentlicht: Oxford University Press 2020
Schlagworte:
Online Zugang:https://ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8098019/
https://ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32845323
https://ncbi.nlm.nih.govhttp://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa755
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