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Gerbil: a fast and memory-efficient k-mer counter with GPU-support

BACKGROUND: A basic task in bioinformatics is the counting of k-mers in genome sequences. Existing k-mer counting tools are most often optimized for small k < 32 and suffer from excessive memory resource consumption or degrading performance for large k. However, given the technology trend towards...

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Pubblicato in:Algorithms Mol Biol
Autori principali: Erbert, Marius, Rechner, Steffen, Müller-Hannemann, Matthias
Natura: Artigo
Lingua:Inglês
Pubblicazione: BioMed Central 2017
Soggetti:
Accesso online:https://ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5374613/
https://ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28373894
https://ncbi.nlm.nih.govhttp://dx.doi.org/10.1186/s13015-017-0097-9
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