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Informed kmer selection for de novo transcriptome assembly

Motivation: De novo transcriptome assembly is an integral part for many RNA-seq workflows. Common applications include sequencing of non-model organisms, cancer or meta transcriptomes. Most de novo transcriptome assemblers use the de Bruijn graph (DBG) as the underlying data structure. The quality o...

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Detalhes bibliográficos
Publicado no:Bioinformatics
Main Authors: Durai, Dilip A., Schulz, Marcel H.
Formato: Artigo
Idioma:Inglês
Publicado em: Oxford University Press 2016
Assuntos:
Acesso em linha:https://ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4892416/
https://ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27153653
https://ncbi.nlm.nih.govhttp://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btw217
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