BIPSPI: a method for the prediction of partner-specific protein–protein interfaces

par Sanchez-Garcia, Ruben, Sorzano, C O S, Carazo, J M, Segura, Joan
Publié dans Bioinformatics (2019)

3DBIONOTES v3.0: crossing molecular and structural biology data with genomic variations

par Segura, Joan, Sanchez-Garcia, Ruben, Sorzano, C O S, Carazo, J M
Publié dans Bioinformatics (2019)

Particle alignment reliability in single particle electron cryomicroscopy: a general approach

par Vargas, J., Otón, J., Marabini, R., Carazo, J. M., Sorzano, C. O. S.
Publié dans Sci Rep (2016)

A theoretical model for EM-ML reconstruction algorithms applied to rotating PET scanners

par Iriarte, A, Sorzano, C O S, Carazo, J M, Rubio, J L, Marabini, R
Publié 2009

Quantitative analysis of 3D alignment quality: its impact on soft-validation, particle pruning and homogeneity analysis

par Vargas, J., Melero, R., Gómez-Blanco, J., Carazo, J. M., Sorzano, C. O. S.
Publié dans Sci Rep (2017)

Volumetric restrictions in single particle 3DEM reconstruction

par Sorzano, C.O.S., Velázquez-Muriel, J.A., Marabini, R., Herman, G.T., Carazo, J.M.
Publié 2008

Improvements on marker-free images alignment for electron tomography

par Sorzano, C.O.S., de Isidro-Gómez, F., Fernández-Giménez, E., Herreros, D., Marco, S., Carazo, J.M., Messaoudi, C.
Publié dans J Struct Biol X (2020)

Spectral signal-to-noise ratio and resolution assessment of 3D reconstructions

par Unser, M., Sorzano, C.O.S., Thévenaz, P, Jonić, S., El-Bez, C., De Carlo, S., Conway, J.F., Trus, B.L.
Publié 2004

Automatic particle selection from electron micrographs using machine learning techniques

par Sorzano, C.O.S., Recarte, E., Alcorlo, M., Bilbao-Castro, J.R., San-Martín, C., Marabini, R., Carazo, J.M.
Publié 2009

3DBIONOTES v2.0: a web server for the automatic annotation of macromolecular structures

par Segura, Joan, Sanchez-Garcia, Ruben, Martinez, Marta, Cuenca-Alba, Jesus, Tabas-Madrid, Daniel, Sorzano, C O S, Carazo, J M
Publié dans Bioinformatics (2017)

3DEM Loupe: analysis of macromolecular dynamics using structures from electron microscopy

par Nogales-Cadenas, R., Jonic, S., Tama, F., Arteni, A. A., Tabas-Madrid, D., Vázquez, M., Pascual-Montano, A., Sorzano, C. O. S.
Publié 2013

A clustering approach to multireference alignment of single-particle projections in electron microscopy

par Sorzano, C.O.S., Bilbao-Castro, J.R., Shkolnisky, Y., Alcorlo, M., Melero, R., Caffarena-Fernández, G., Li, M., Xu, G., Marabini, R., Carazo, J.M.
Publié 2010

Measurement of local resolution in electron tomography

par Vilas, J.L., Oton, J., Messaoudi, C., Melero, R., Conesa, P., Ramirez-Aportela, E., Mota, J., Martinez, M., Jimenez, A., Marabini, R., Carazo, J.M., Vargas, J., Sorzano, C.O.S.
Publié dans J Struct Biol X (2019)

Cryo-EM and the elucidation of new macromolecular structures: Random Conical Tilt revisited

par Sorzano, C. O. S., Alcorlo, M., de la Rosa-Trevín, J. M., Melero, R., Foche, I., Zaldívar-Peraza, A., del Cano, L., Vargas, J., Abrishami, V., Otón, J., Marabini, R., Carazo, J. M.
Publié dans Sci Rep (2015)

A Survey of the Use of Iterative Reconstruction Algorithms in Electron Microscopy

par Sorzano, C. O. S., Vargas, J., Otón, J., de la Rosa-Trevín, J. M., Vilas, J. L., Kazemi, M., Melero, R., del Caño, L., Cuenca, J., Conesa, P., Gómez-Blanco, J., Marabini, R., Carazo, J. M.
Publié dans Biomed Res Int (2017)

Flexible workflows for on-the-fly electron-microscopy single-particle image processing using Scipion

par Maluenda, D., Majtner, T., Horvath, P., Vilas, J. L., Jiménez-Moreno, A., Mota, J., Ramírez-Aportela, E., Sánchez-García, R., Conesa, P., del Caño, L., Rancel, Y., Fonseca, Y., Martínez, M., Sharov, G., García, C.A., Strelak, D., Melero, R., Marabini, R., Carazo, J. M., Sorzano, C. O. S.
Publié dans Acta Crystallogr D Struct Biol (2019)

Survey of the analysis of continuous conformational variability of biological macromolecules by electron microscopy

par Sorzano, C. O. S., Jiménez, A., Mota, J., Vilas, J. L., Maluenda, D., Martínez, M., Ramírez-Aportela, E., Majtner, T., Segura, J., Sánchez-García, R., Rancel, Y., del Caño, L., Conesa, P., Melero, R., Jonic, S., Vargas, J., Cazals, F., Freyberg, Z., Krieger, J., Bahar, I., Marabini, R., Carazo, J. M.
Publié dans Acta Crystallogr F Struct Biol Commun (2019)

Using Scipion for stream image processing at Cryo-EM facilities

par Gómez-Blanco, J., de la Rosa-Trevín, J.M., Marabini, R., del Cano, L., Jiménez, A., Martínez, M., Melero, R., Majtner, T., Maluenda, D., Mota, J., Rancel, Y., Ramírez-Aportela, E, Vilas, J.L., Carroni, M., Fleischmann, S., Lindahl, E., Ashton, A.W., Basham, M., Clare, D.K., Savage, K., Siebert, C.A., Sharov, G.G., Sorzano, C.O.S., Conesa, P., Carazo, J.M.
Publié dans J Struct Biol (2018)

ScipionTomo: Towards cryo-electron tomography software integration, reproducibility, and validation

par de la Morena, J. Jimenez, Conesa, P., Fonseca, Y.C., de Isidro-Gómez, F.P., Herreros, D., Fernández-Giménez, E., Strelaka, D., Moebel, E., Buchholz, T.O., Jug, F., Martinez-Sanchez, A., Harastani, M., Jonic, S., Conesa, J.J., Cuervo, A., Losana, P., Sánchez, I., Iceta, M., del Cano, L., Gragera, M., Melero, R., Sharov, G., Castaño-Díez, D., Koster, A., Piccirillo, J.G., Vilas, J.L., Otón, J., Marabini, R., Sorzano, C.O.S., Carazo, J.M.
Publié dans J Struct Biol (2022)