long-read-tools.org: an interactive catalogue of analysis methods for long-read sequencing data

Bằng Amarasinghe, Shanika L, Ritchie, Matthew E, Gouil, Quentin
Xuất bản năm Gigascience (2021)

Microarray background correction: maximum likelihood estimation for the normal–exponential convolution

Bằng Silver, Jeremy D., Ritchie, Matthew E., Smyth, Gordon K.
Được phát hành 2009

Comparing genotyping algorithms for Illumina's Infinium whole-genome SNP BeadChips

Bằng Ritchie, Matthew E, Liu, Ruijie, Carvalho, Benilton S, Irizarry, Rafael A
Được phát hành 2011

Illumina WG-6 BeadChip strips should be normalized separately

Bằng Shi, Wei, Banerjee, Ashish, Ritchie, Matthew E, Gerondakis, Steve, Smyth, Gordon K
Được phát hành 2009

KRLMM: an adaptive genotype calling method for common and low frequency variants

Bằng Liu, Ruijie, Dai, Zhiyin, Yeager, Meredith, Irizarry, Rafael A, Ritchie, Matthew E
Được phát hành 2014

Transcriptional profiling of the epigenetic regulator Smchd1

Bằng Liu, Ruijie, Chen, Kelan, Jansz, Natasha, Blewitt, Marnie E., Ritchie, Matthew E.
Xuất bản năm Genom Data (2015)

R/Bioconductor software for Illumina's Infinium whole-genome genotyping BeadChips

Bằng Ritchie, Matthew E., Carvalho, Benilton S., Hetrick, Kurt N., Tavaré, Simon, Irizarry, Rafael A.
Được phát hành 2009

Using the R Package crlmm for Genotyping and Copy Number Estimation

Bằng Scharpf, Robert B., Irizarry, Rafael A., Ritchie, Matthew E., Carvalho, Benilton, Ruczinski, Ingo
Được phát hành 2011

BeadArray Expression Analysis Using Bioconductor

Bằng Ritchie, Matthew E., Dunning, Mark J., Smith, Mike L., Shi, Wei, Lynch, Andy G.
Được phát hành 2011

illuminaio: An open source IDAT parsing tool for Illumina microarrays

Bằng Smith, Mike L, Baggerly, Keith A., Bengtsson, Henrik, Ritchie, Matthew E., Hansen, Kasper D.
Được phát hành 2013

High concordance between Illumina HiSeq2500 and NextSeq500 for reduced representation bisulfite sequencing (RRBS)

Bằng Yin, Danqing, Ritchie, Matthew E., Jabbari, Jafar S., Beck, Tamara, Blewitt, Marnie E., Keniry, Andrew
Xuất bản năm Genom Data (2016)

Opportunities and challenges in long-read sequencing data analysis

Bằng Amarasinghe, Shanika L., Su, Shian, Dong, Xueyi, Zappia, Luke, Ritchie, Matthew E., Gouil, Quentin
Xuất bản năm Genome Biol (2020)

CellBench: R/Bioconductor software for comparing single-cell RNA-seq analysis methods

Bằng Su, Shian, Tian, Luyi, Dong, Xueyi, Hickey, Peter F, Freytag, Saskia, Ritchie, Matthew E
Xuất bản năm Bioinformatics (2020)

Statistical issues in the analysis of Illumina data

Bằng Dunning, Mark J, Barbosa-Morais, Nuno L, Lynch, Andy G, Tavaré, Simon, Ritchie, Matthew E
Được phát hành 2008

Spike-in validation of an Illumina-specific variance-stabilizing transformation

Bằng Dunning, Mark J, Ritchie, Matthew E, Barbosa-Morais, Nuno L, Tavaré, Simon, Lynch, Andy G
Được phát hành 2008

Data analysis issues for allele-specific expression using Illumina's GoldenGate assay

Bằng Ritchie, Matthew E, Forrest, Matthew S, Dimas, Antigone S, Daelemans, Caroline, Dermitzakis, Emmanouil T, Deloukas, Panagiotis, Tavaré, Simon
Được phát hành 2010

Easy and efficient ensemble gene set testing with EGSEA

Bằng Alhamdoosh, Monther, Law, Charity W., Tian, Luyi, Sheridan, Julie M., Ng, Milica, Ritchie, Matthew E.
Xuất bản năm F1000Res (2017)

A guide to creating design matrices for gene expression experiments

Bằng Law, Charity W., Zeglinski, Kathleen, Dong, Xueyi, Alhamdoosh, Monther, Smyth, Gordon K., Ritchie, Matthew E.
Xuất bản năm F1000Res (2020)

Empirical array quality weights in the analysis of microarray data

Bằng Ritchie, Matthew E, Diyagama, Dileepa, Neilson, Jody, van Laar, Ryan, Dobrovic, Alexander, Holloway, Andrew, Smyth, Gordon K
Được phát hành 2006

limma powers differential expression analyses for RNA-sequencing and microarray studies

Bằng Ritchie, Matthew E., Phipson, Belinda, Wu, Di, Hu, Yifang, Law, Charity W., Shi, Wei, Smyth, Gordon K.
Xuất bản năm Nucleic Acids Res (2015)