Integration of expression data in genome-scale metabolic network reconstructions

von Blazier, Anna S., Papin, Jason A.
Veröffentlicht 2012

Computing Biology

von Nussinov, Ruth, Papin, Jason A.
Veröffentlicht in PLoS Comput Biol (2016)

History of antibiotic adaptation influences microbial evolutionary dynamics during subsequent treatment

von Yen, Phillip, Papin, Jason A.
Veröffentlicht in PLoS Biol (2017)

How can computation advance microbiome research?

von Nussinov, Ruth, Papin, Jason A.
Veröffentlicht in PLoS Comput Biol (2017)

Reconciling high-throughput gene essentiality data with metabolic network reconstructions

von Blazier, Anna S., Papin, Jason A.
Veröffentlicht in PLoS Comput Biol (2019)

The JAK-STAT Signaling Network in the Human B-Cell: An Extreme Signaling Pathway Analysis

von Papin, Jason A., Palsson, Bernhard O.
Veröffentlicht 2004

Novel Multiscale Modeling Tool Applied to Pseudomonas aeruginosa Biofilm Formation

von Biggs, Matthew B., Papin, Jason A.
Veröffentlicht 2013

MetDraw: automated visualization of genome-scale metabolic network reconstructions and high-throughput data

von Jensen, Paul A., Papin, Jason A.
Veröffentlicht 2014

Managing uncertainty in metabolic network structure and improving predictions using EnsembleFBA

von Biggs, Matthew B., Papin, Jason A.
Veröffentlicht in PLoS Comput Biol (2017)

Ten simple rules for biologists learning to program

von Carey, Maureen A., Papin, Jason A.
Veröffentlicht in PLoS Comput Biol (2018)

Biomedical applications of genome-scale metabolic network reconstructions of human pathogens

von Dunphy, Laura J., Papin, Jason A.
Veröffentlicht in Curr Opin Biotechnol (2017)

Metabolic network-guided binning of metagenomic sequence fragments

von Biggs, Matthew B., Papin, Jason A.
Veröffentlicht in Bioinformatics (2016)

Functional integration of a metabolic network model and expression data without arbitrary thresholding

von Jensen, Paul A., Papin, Jason A.
Veröffentlicht in Bioinformatics (2011)

Wisdom of crowds in computational biology

von Papin, Jason A., Mac Gabhann, Feilim
Veröffentlicht in PLoS Comput Biol (2019)

Guiding the Refinement of Biochemical Knowledgebases with Ensembles of Metabolic Networks and Machine Learning

von Medlock, Gregory L., Papin, Jason A.
Veröffentlicht in Cell Syst (2020)

Computing the Dynamic Supramolecular Structural Proteome

von Nussinov, Ruth, Papin, Jason A., Vakser, Ilya
Veröffentlicht in PLoS Comput Biol (2017)

SIMPLE: A Sequential Immunoperoxidase Labeling and Erasing Method

von Glass, George, Papin, Jason A., Mandell, James W.
Veröffentlicht 2009

Multiscale Computational Models of Complex Biological Systems

von Walpole, Joseph, Papin, Jason A., Peirce, Shayn M.
Veröffentlicht 2013

Integrated experimental and computational analyses reveal differential metabolic functionality in antibiotic-resistant Pseudomonas aeruginosa

von Dunphy, Laura J., Yen, Phillip, Papin, Jason A.
Veröffentlicht in Cell Syst (2019)

Determination of Redundancy and Systems Properties of the Metabolic Network of Helicobacter pylori Using Genome-Scale Extreme Pathway Analysis

von Price, Nathan D., Papin, Jason A., Palsson, Bernhard Ø.
Veröffentlicht 2002