Integration of expression data in genome-scale metabolic network reconstructions

بواسطة Blazier, Anna S., Papin, Jason A.
منشور في 2012

Computing Biology

بواسطة Nussinov, Ruth, Papin, Jason A.
الحاوية / القاعدة PLoS Comput Biol (2016)

History of antibiotic adaptation influences microbial evolutionary dynamics during subsequent treatment

بواسطة Yen, Phillip, Papin, Jason A.
الحاوية / القاعدة PLoS Biol (2017)

How can computation advance microbiome research?

بواسطة Nussinov, Ruth, Papin, Jason A.
الحاوية / القاعدة PLoS Comput Biol (2017)

Reconciling high-throughput gene essentiality data with metabolic network reconstructions

بواسطة Blazier, Anna S., Papin, Jason A.
الحاوية / القاعدة PLoS Comput Biol (2019)

The JAK-STAT Signaling Network in the Human B-Cell: An Extreme Signaling Pathway Analysis

بواسطة Papin, Jason A., Palsson, Bernhard O.
منشور في 2004

Novel Multiscale Modeling Tool Applied to Pseudomonas aeruginosa Biofilm Formation

بواسطة Biggs, Matthew B., Papin, Jason A.
منشور في 2013

MetDraw: automated visualization of genome-scale metabolic network reconstructions and high-throughput data

بواسطة Jensen, Paul A., Papin, Jason A.
منشور في 2014

Managing uncertainty in metabolic network structure and improving predictions using EnsembleFBA

بواسطة Biggs, Matthew B., Papin, Jason A.
الحاوية / القاعدة PLoS Comput Biol (2017)

Ten simple rules for biologists learning to program

بواسطة Carey, Maureen A., Papin, Jason A.
الحاوية / القاعدة PLoS Comput Biol (2018)

Biomedical applications of genome-scale metabolic network reconstructions of human pathogens

بواسطة Dunphy, Laura J., Papin, Jason A.
الحاوية / القاعدة Curr Opin Biotechnol (2017)

Metabolic network-guided binning of metagenomic sequence fragments

بواسطة Biggs, Matthew B., Papin, Jason A.
الحاوية / القاعدة Bioinformatics (2016)

Functional integration of a metabolic network model and expression data without arbitrary thresholding

بواسطة Jensen, Paul A., Papin, Jason A.
الحاوية / القاعدة Bioinformatics (2011)

Wisdom of crowds in computational biology

بواسطة Papin, Jason A., Mac Gabhann, Feilim
الحاوية / القاعدة PLoS Comput Biol (2019)

Guiding the Refinement of Biochemical Knowledgebases with Ensembles of Metabolic Networks and Machine Learning

بواسطة Medlock, Gregory L., Papin, Jason A.
الحاوية / القاعدة Cell Syst (2020)

Computing the Dynamic Supramolecular Structural Proteome

بواسطة Nussinov, Ruth, Papin, Jason A., Vakser, Ilya
الحاوية / القاعدة PLoS Comput Biol (2017)

SIMPLE: A Sequential Immunoperoxidase Labeling and Erasing Method

بواسطة Glass, George, Papin, Jason A., Mandell, James W.
منشور في 2009

Multiscale Computational Models of Complex Biological Systems

بواسطة Walpole, Joseph, Papin, Jason A., Peirce, Shayn M.
منشور في 2013

Integrated experimental and computational analyses reveal differential metabolic functionality in antibiotic-resistant Pseudomonas aeruginosa

بواسطة Dunphy, Laura J., Yen, Phillip, Papin, Jason A.
الحاوية / القاعدة Cell Syst (2019)

Determination of Redundancy and Systems Properties of the Metabolic Network of Helicobacter pylori Using Genome-Scale Extreme Pathway Analysis

بواسطة Price, Nathan D., Papin, Jason A., Palsson, Bernhard Ø.
منشور في 2002