TSCAN: Pseudo-time reconstruction and evaluation in single-cell RNA-seq analysis

par Ji, Zhicheng, Ji, Hongkai
Publié dans Nucleic Acids Res (2016)

Single-cell regulome data analysis by SCRAT

par Ji, Zhicheng, Zhou, Weiqiang, Ji, Hongkai
Publié dans Bioinformatics (2017)

Multi-objective flexible job-shop scheduling problem using modified discrete particle swarm optimization

par Huang, Song, Tian, Na, Wang, Yan, Ji, Zhicheng
Publié dans Springerplus (2016)

Particle swarm optimization using multi-information characteristics of all personal-best information

par Huang, Song, Tian, Na, Wang, Yan, Ji, Zhicheng
Publié dans Springerplus (2016)

Global prediction of chromatin accessibility using small-cell-number and single-cell RNA-seq

par Zhou, Weiqiang, Ji, Zhicheng, Fang, Weixiang, Ji, Hongkai
Publié dans Nucleic Acids Res (2019)

Single-cell ATAC-seq signal extraction and enhancement with SCATE

par Ji, Zhicheng, Zhou, Weiqiang, Hou, Wenpin, Ji, Hongkai
Publié dans Genome Biol (2020)

Dynamic motif occupancy (DynaMO) analysis identifies transcription factors and their binding sites driving dynamic biological processes

par Kuang, Zheng, Ji, Zhicheng, Boeke, Jef D, Ji, Hongkai
Publié dans Nucleic Acids Res (2018)

A systematic evaluation of single-cell RNA-sequencing imputation methods

par Hou, Wenpin, Ji, Zhicheng, Ji, Hongkai, Hicks, Stephanie C.
Publié dans Genome Biol (2020)

BRHIS1 suppresses rice innate immunity through binding to monoubiquitinated H2A and H2B variants

par Li, Xiaoyu, Jiang, Yanxiang, Ji, Zhicheng, Liu, Yaoguang, Zhang, Qunyu
Publié dans EMBO Rep (2015)

Turning publicly available gene expression data into discoveries using gene set context analysis

par Ji, Zhicheng, Vokes, Steven A., Dang, Chi V., Ji, Hongkai
Publié dans Nucleic Acids Res (2016)

Network Properties of Cancer Prognostic Gene Signatures in the Human Protein Interactome

par Zhang, Jifeng, Yan, Shoubao, Jiang, Cheng, Ji, Zhicheng, Wang, Chenrun, Tian, Weidong
Publié dans Genes (Basel) (2020)

A statistical framework for differential pseudotime analysis with multiple single-cell RNA-seq samples

par Hou, Wenpin, Ji, Zhicheng, Chen, Zeyu, Wherry, E. John, Hicks, Stephanie C., Ji, Hongkai
Publié dans bioRxiv (2021)

Predicting survival time for metastatic castration resistant prostate cancer: An iterative imputation approach

par Deng, Detian, Du, Yu, Ji, Zhicheng, Rao, Karthik, Wu, Zhenke, Zhu, Yuxin, Coley, R. Yates
Publié dans F1000Res (2016)

Genome-wide prediction of DNase I hypersensitivity using gene expression

par Zhou, Weiqiang, Sherwood, Ben, Ji, Zhicheng, Xue, Yingchao, Du, Fang, Bai, Jiawei, Ying, Mingyao, Ji, Hongkai
Publié dans Nat Commun (2017)

Sex differences in gene regulation in the dorsal root ganglion after nerve injury

par Stephens, Kimberly E., Zhou, Weiqiang, Ji, Zhicheng, Chen, Zhiyong, He, Shaoqiu, Ji, Hongkai, Guan, Yun, Taverna, Sean D.
Publié dans BMC Genomics (2019)

GLI transcriptional repression regulates tissue-specific enhancer activity in response to Hedgehog signaling

par Lex, Rachel K, Ji, Zhicheng, Falkenstein, Kristin N, Zhou, Weiqiang, Henry, Joanna L, Ji, Hongkai, Vokes, Steven A
Publié dans eLife (2020)

Single cell transcriptomics of mouse kidney transplants reveals a myeloid cell pathway for transplant rejection

par Dangi, Anil, Natesh, Naveen R., Husain, Irma, Ji, Zhicheng, Barisoni, Laura, Kwun, Jean, Shen, Xiling, Thorp, Edward B., Luo, Xunrong
Publié dans JCI Insight (2020)

Quantification and evolution of mitochondrial genome rearrangement in Amphibians

par Zhang, Jifeng, Miao, Guopen, Hu, Shunjie, Sun, Qi, Ding, Hengwu, Ji, Zhicheng, Guo, Pen, Yan, Shoubao, Wang, Chengrun, Kan, Xianzhao, Nie, Liuwang
Publié dans BMC Ecol Evol (2021)

The Pluripotency Factor NANOG Binds to GLI Proteins and Represses Hedgehog-mediated Transcription

par Li, Qiang, Lex, Rachel K., Chung, HaeWon, Giovanetti, Simone M., Ji, Zhicheng, Ji, Hongkai, Person, Maria D., Kim, Jonghwan, Vokes, Steven A.
Publié dans J Biol Chem (2016)

PRMT5 is essential for the maintenance of chondrogenic progenitor cells in the limb bud

par Norrie, Jacqueline L., Li, Qiang, Co, Swanie, Huang, Bau-Lin, Ding, Ding, Uy, Jann C., Ji, Zhicheng, Mackem, Susan, Bedford, Mark T., Galli, Antonella, Ji, Hongkai, Vokes, Steven A.
Publié dans Development (2016)