Efficient Sampling of Parsimonious Inversion Histories with Application to Genome Rearrangement in Yersinia

par Miklós, István, Darling, Aaron E.
Publié 2009

Local and relaxed clocks: the best of both worlds

par Fourment, Mathieu, Darling, Aaron E.
Publié dans PeerJ (2018)

Evaluating probabilistic programming and fast variational Bayesian inference in phylogenetics

par Fourment, Mathieu, Darling, Aaron E.
Publié dans PeerJ (2019)

A method for high precision sequencing of near full-length 16S rRNA genes on an Illumina MiSeq

par Burke, Catherine M., Darling, Aaron E.
Publié dans PeerJ (2016)

progressiveMauve: Multiple Genome Alignment with Gene Gain, Loss and Rearrangement

par Darling, Aaron E., Mau, Bob, Perna, Nicole T.
Publié 2010

The rise and fall of breakpoint reuse depending on genome resolution

par Attie, Oliver, Darling, Aaron E, Yancopoulos, Sophia
Publié 2011

Deconvoluting simulated metagenomes: the performance of hard- and soft- clustering algorithms applied to metagenomic chromosome conformation capture (3C)

par DeMaere, Matthew Z., Darling, Aaron E.
Publié dans PeerJ (2016)

Sim3C: simulation of Hi-C and Meta3C proximity ligation sequencing technologies

par DeMaere, Matthew Z, Darling, Aaron E
Publié dans Gigascience (2017)

bin3C: exploiting Hi-C sequencing data to accurately resolve metagenome-assembled genomes

par DeMaere, Matthew Z., Darling, Aaron E.
Publié dans Genome Biol (2019)

Dynamics of Genome Rearrangement in Bacterial Populations

par Darling, Aaron E., Miklós, István, Ragan, Mark A.
Publié 2008

The impact of migratory flyways on the spread of avian influenza virus in North America

par Fourment, Mathieu, Darling, Aaron E., Holmes, Edward C.
Publié dans BMC Evol Biol (2017)

Impact of homologous and non-homologous recombination in the genomic evolution of Escherichia coli

par Didelot Xavier, Méric Guillaume, Falush Daniel, Darling Aaron E
Publié 2012-06-01

Seevolution: visualizing chromosome evolution

par Esteban-Marcos, Andrés, Darling, Aaron E., Ragan, Mark A.
Publié 2009

Metagenomic Sequencing of an In Vitro-Simulated Microbial Community

par Morgan, Jenna L., Darling, Aaron E., Eisen, Jonathan A.
Publié 2010

Impact of homologous and non-homologous recombination in the genomic evolution of Escherichia coli

par Didelot, Xavier, Méric, Guillaume, Falush, Daniel, Darling, Aaron E
Publié 2012

Phylogeny of Bacterial and Archaeal Genomes Using Conserved Genes: Supertrees and Supermatrices

par Lang, Jenna Morgan, Darling, Aaron E., Eisen, Jonathan A.
Publié 2013

Online Bayesian Phylogenetic Inference: Theoretical Foundations via Sequential Monte Carlo

par Dinh, Vu, Darling, Aaron E, Matsen IV, Frederick A
Publié dans Syst Biol (2018)

Strainberry: automated strain separation in low-complexity metagenomes using long reads

par Vicedomini, Riccardo, Quince, Christopher, Darling, Aaron E., Chikhi, Rayan
Publié dans Nat Commun (2021)

Genome-wide detection and analysis of homologous recombination among sequenced strains of Escherichia coli

par Mau, Bob, Glasner, Jeremy D, Darling, Aaron E, Perna, Nicole T
Publié 2006

Mauve Assembly Metrics

par Darling, Aaron E., Tritt, Andrew, Eisen, Jonathan A., Facciotti, Marc T.
Publié 2011