Protein–protein HADDocking using exclusively pseudocontact shifts

par Schmitz, Christophe, Bonvin, Alexandre M. J. J.
Publié 2011

Pre‐ and post‐docking sampling of conformational changes using ClustENM and HADDOCK for protein‐protein and protein‐DNA systems

par Kurkcuoglu, Zeynep, Bonvin, Alexandre M. J. J.
Publié dans Proteins (2019)

A protein–DNA docking benchmark

par van Dijk, Marc, Bonvin, Alexandre M. J. J.
Publié 2008

3D-DART: a DNA structure modelling server

par van Dijk, Marc, Bonvin, Alexandre M. J. J.
Publié 2009

Pushing the limits of what is achievable in protein–DNA docking: benchmarking HADDOCK’s performance

par van Dijk, Marc, Bonvin, Alexandre M. J. J.
Publié 2010

On the binding affinity of macromolecular interactions: daring to ask why proteins interact

par Kastritis, Panagiotis L., Bonvin, Alexandre M. J. J.
Publié 2013

Coarse-grained (hybrid) integrative modeling of biomolecular interactions

par Roel-Touris, Jorge, Bonvin, Alexandre M.J.J.
Publié dans Comput Struct Biotechnol J (2020)

CPORT: A Consensus Interface Predictor and Its Performance in Prediction-Driven Docking with HADDOCK

par de Vries, Sjoerd J., Bonvin, Alexandre M. J. J.
Publié 2011

Performance of the WeNMR CS-Rosetta3 web server in CASD-NMR

par van der Schot, Gijs, Bonvin, Alexandre M. J. J.
Publié dans J Biomol NMR (2015)

Distinguishing crystallographic from biological interfaces in protein complexes: role of intermolecular contacts and energetics for classification

par Elez, Katarina, Bonvin, Alexandre M. J. J., Vangone, Anna
Publié dans BMC Bioinformatics (2018)

The eNMR platform for structural biology

par Bonvin, Alexandre M. J. J., Rosato, Antonio, Wassenaar, Tsjerk A.
Publié 2010

A Unified Conformational Selection and Induced Fit Approach to Protein-Peptide Docking

par Trellet, Mikael, Melquiond, Adrien S. J., Bonvin, Alexandre M. J. J.
Publié 2013

Assessment of contact predictions in CASP12: Co‐evolution and deep learning coming of age

par Schaarschmidt, Joerg, Monastyrskyy, Bohdan, Kryshtafovych, Andriy, Bonvin, Alexandre M.J.J.
Publié dans Proteins (2017)

Protein–ligand pose and affinity prediction: Lessons from D3R Grand Challenge 3

par Koukos, Panagiotis I., Xue, Li C., Bonvin, Alexandre M. J. J.
Publié dans J Comput Aided Mol Des (2018)

MARTINI-Based Protein-DNA Coarse-Grained HADDOCKing

par Honorato, Rodrigo V., Roel-Touris, Jorge, Bonvin, Alexandre M. J. J.
Publié dans Front Mol Biosci (2019)

LightDock goes information-driven

par Roel-Touris, Jorge, Bonvin, Alexandre M J J, Jiménez-García, Brian
Publié dans Bioinformatics (2020)

Integrative modeling of membrane-associated protein assemblies

par Roel-Touris, Jorge, Jiménez-García, Brian, Bonvin, Alexandre M. J. J.
Publié dans Nat Commun (2020)

Understanding Docking Complexes of Macromolecules Using HADDOCK: The Synergy between Experimental Data and Computations

par Saponaro, Andrea, Maione, Vincenzo, Bonvin, Alexandre M. J. J., Cantini, Francesca
Publié dans Bio Protoc (2020)

Protein-Protein Interface Predictions by Data-Driven Methods: A Review

par Xue, Li C, Dobbs, Drena, Bonvin, Alexandre M.J.J., Honavar, Vasant
Publié dans FEBS Lett (2015)

HADDOCK(2P2I): A Biophysical Model for Predicting the Binding Affinity of Protein–Protein Interaction Inhibitors

par Kastritis, Panagiotis L., Rodrigues, João P. G. L. M., Bonvin, Alexandre M. J. J.
Publié 2014