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Visualizing population structure with variational autoencoders

Dimensionality reduction is a common tool for visualization and inference of population structure from genotypes, but popular methods either return too many dimensions for easy plotting (PCA) or fail to preserve global geometry (t-SNE and UMAP). Here we explore the utility of variational autoencoder...

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Detalhes bibliográficos
Publicado no:G3 (Bethesda)
Main Authors: Battey, C J, Coffing, Gabrielle C, Kern, Andrew D
Formato: Artigo
Idioma:Inglês
Publicado em: Oxford University Press 2021
Assuntos:
Acesso em linha:https://ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8022710/
https://ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/33561250
https://ncbi.nlm.nih.govhttp://dx.doi.org/10.1093/g3journal/jkaa036
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