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A Sequence Distance Graph framework for genome assembly and analysis

The Sequence Distance Graph (SDG) framework works with genome assembly graphs and raw data from paired, linked and long reads. It includes a simple deBruijn graph module, and can import graphs using the graphical fragment assembly (GFA) format. It also maps raw reads onto graphs, and provides a Pyth...

Ausführliche Beschreibung

Gespeichert in:
Bibliographische Detailangaben
Veröffentlicht in:F1000Res
Hauptverfasser: Yanes, Luis, Garcia Accinelli, Gonzalo, Wright, Jonathan, Ward, Ben J., Clavijo, Bernardo J.
Format: Artigo
Sprache:Inglês
Veröffentlicht: F1000 Research Limited 2019
Schlagworte:
Online Zugang:https://ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6833988/
https://ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31723420
https://ncbi.nlm.nih.govhttp://dx.doi.org/10.12688/f1000research.20233.1
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