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A Sequence Distance Graph framework for genome assembly and analysis

The Sequence Distance Graph (SDG) framework works with genome assembly graphs and raw data from paired, linked and long reads. It includes a simple deBruijn graph module, and can import graphs using the graphical fragment assembly (GFA) format. It also maps raw reads onto graphs, and provides a Pyth...

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Détails bibliographiques
Publié dans:F1000Res
Auteurs principaux: Yanes, Luis, Garcia Accinelli, Gonzalo, Wright, Jonathan, Ward, Ben J., Clavijo, Bernardo J.
Format: Artigo
Langue:Inglês
Publié: F1000 Research Limited 2019
Sujets:
Accès en ligne:https://ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6833988/
https://ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31723420
https://ncbi.nlm.nih.govhttp://dx.doi.org/10.12688/f1000research.20233.1
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