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TransRate: reference-free quality assessment of de novo transcriptome assemblies

TransRate is a tool for reference-free quality assessment of de novo transcriptome assemblies. Using only the sequenced reads and the assembly as input, we show that multiple common artifacts of de novo transcriptome assembly can be readily detected. These include chimeras, structural errors, incomp...

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Detalhes bibliográficos
Publicado no:Genome Res
Main Authors: Smith-Unna, Richard, Boursnell, Chris, Patro, Rob, Hibberd, Julian M., Kelly, Steven
Formato: Artigo
Idioma:Inglês
Publicado em: Cold Spring Harbor Laboratory Press 2016
Assuntos:
Acesso em linha:https://ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4971766/
https://ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27252236
https://ncbi.nlm.nih.govhttp://dx.doi.org/10.1101/gr.196469.115
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