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Bitpacking techniques for indexing genomes: I. Hash tables

BACKGROUND: Hash tables constitute a widely used data structure for indexing genomes that provides a list of genomic positions for each possible oligomer of a given size. The offset array in a hash table grows exponentially with the oligomer size and precludes the use of larger oligomers that could...

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Detalhes bibliográficos
Publicado no:Algorithms Mol Biol
Autor principal: Wu, Thomas D.
Formato: Artigo
Idioma:Inglês
Publicado em: BioMed Central 2016
Assuntos:
Acesso em linha:https://ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4835851/
https://ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27095998
https://ncbi.nlm.nih.govhttp://dx.doi.org/10.1186/s13015-016-0069-5
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