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crocketa: an automated Snakemake framework for integrated single-cell transcriptome and immune-repertoire analysis

Abstract crocketa (single-Cell Repertoire Organization & Combined Kinetics Exploration for Transcriptomic Analysis) is an automated and adaptable Snakemake pipeline designed to perform fundamental initial stages of single-cell analysis for both transcriptomic and immune repertoire data, with additio...

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Principais autores: Gonzalo Soria-Alcaide, Gonzalo García-Aguilera, Marta Portasany-Rodríguez, Jaanam Lalchandani, África González-Murillo, Elena G. Sánchez, Cristina Saiz-Ladera, Manuel Ramírez-Orellana, Jorge Garcia-Martinez
Formato: Artigo
Idioma:Inglês
Publicado em: BMC 2026-03-01
coleção:BMC Genomics
Assuntos:
Pipeline
scRNAseq
TCR
BCR
Immune repertoire
Clonotype
Acesso em linha:https://doi.org/10.1186/s12864-026-12767-y
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