Low-resolution structural modeling of protein interactome

por Vakser, Ilya A
Publicado em 2013

Protein-Protein Docking: From Interaction to Interactome

por Vakser, Ilya A.
Publicado em 2014

Challenges in Protein Docking

por Vakser, Ilya A.
Publicado no Curr Opin Struct Biol (2020)

GRAMM-X public web server for protein–protein docking

por Tovchigrechko, Andrey, Vakser, Ilya A.
Publicado em 2006

Shorter side chains optimize helix–helix packing

por Jiang, Sulin, Vakser, Ilya A.
Publicado em 2004

How common is the funnel-like energy landscape in protein-protein interactions?

por Tovchigrechko, Andrei, Vakser, Ilya A.
Publicado em 2001

DECK: Distance and environment-dependent, coarse-grained, knowledge-based potentials for protein-protein docking

por Liu, Shiyong, Vakser, Ilya A
Publicado em 2011

Chasing Funnels on Protein-Protein Energy Landscapes at Different Resolutions

por Ruvinsky, Anatoly M., Vakser, Ilya A.
Publicado em 2008

The ruggedness of protein–protein energy landscape and the cutoff for 1/r(n) potentials

por Ruvinsky, Anatoly M., Vakser, Ilya A.
Publicado em 2009

Accuracy of Protein-Protein Binding Sites in High-Throughput Template-Based Modeling

por Kundrotas, Petras J., Vakser, Ilya A.
Publicado em 2010

Sequence composition and environment effects on residue fluctuations in protein structures

por Ruvinsky, Anatoly M., Vakser, Ilya A.
Publicado em 2010

Protein–protein alternative binding modes do not overlap

por Kundrotas, Petras J, Vakser, Ilya A
Publicado em 2013

Global and local structural similarity in protein–protein complexes: Implications for template-based docking

por Kundrotas, Petras J., Vakser, Ilya A.
Publicado no Proteins (2013)

The role of geometric complementarity in secondary structure packing: A systematic docking study

por Jiang, Sulin, Tovchigrechko, Andrei, Vakser, Ilya A.
Publicado em 2003

Dockground protein–protein docking decoy set

por Liu, Shiyong, Gao, Ying, Vakser, Ilya A.
Publicado em 2008

Docking of protein models

por Tovchigrechko, Andrei, Wells, Christopher A., Vakser, Ilya A.
Publicado em 2002

GWIDD: Genome-wide protein docking database

por Kundrotas, Petras J., Zhu, Zhengwei, Vakser, Ilya A.
Publicado em 2010

Protein Docking by the Interface Structure Similarity: How Much Structure Is Needed?

por Sinha, Rohita, Kundrotas, Petras J., Vakser, Ilya A.
Publicado em 2012

GWIDD: a comprehensive resource for genome-wide structural modeling of protein-protein interactions

por Kundrotas, Petras J, Zhu, Zhengwei, Vakser, Ilya A
Publicado em 2012

Structural templates for modeling homodimers

por Kundrotas, Petras J, Vakser, Ilya A, Janin, Joël
Publicado em 2013