Low-resolution structural modeling of protein interactome

Tekijä Vakser, Ilya A
Julkaistu 2013

Protein-Protein Docking: From Interaction to Interactome

Tekijä Vakser, Ilya A.
Julkaistu 2014

Challenges in Protein Docking

Tekijä Vakser, Ilya A.
Julkaisussa Curr Opin Struct Biol (2020)

GRAMM-X public web server for protein–protein docking

Tekijä Tovchigrechko, Andrey, Vakser, Ilya A.
Julkaistu 2006

Shorter side chains optimize helix–helix packing

Tekijä Jiang, Sulin, Vakser, Ilya A.
Julkaistu 2004

How common is the funnel-like energy landscape in protein-protein interactions?

Tekijä Tovchigrechko, Andrei, Vakser, Ilya A.
Julkaistu 2001

DECK: Distance and environment-dependent, coarse-grained, knowledge-based potentials for protein-protein docking

Tekijä Liu, Shiyong, Vakser, Ilya A
Julkaistu 2011

Chasing Funnels on Protein-Protein Energy Landscapes at Different Resolutions

Tekijä Ruvinsky, Anatoly M., Vakser, Ilya A.
Julkaistu 2008

The ruggedness of protein–protein energy landscape and the cutoff for 1/r(n) potentials

Tekijä Ruvinsky, Anatoly M., Vakser, Ilya A.
Julkaistu 2009

Accuracy of Protein-Protein Binding Sites in High-Throughput Template-Based Modeling

Tekijä Kundrotas, Petras J., Vakser, Ilya A.
Julkaistu 2010

Sequence composition and environment effects on residue fluctuations in protein structures

Tekijä Ruvinsky, Anatoly M., Vakser, Ilya A.
Julkaistu 2010

Protein–protein alternative binding modes do not overlap

Tekijä Kundrotas, Petras J, Vakser, Ilya A
Julkaistu 2013

Global and local structural similarity in protein–protein complexes: Implications for template-based docking

Tekijä Kundrotas, Petras J., Vakser, Ilya A.
Julkaisussa Proteins (2013)

The role of geometric complementarity in secondary structure packing: A systematic docking study

Tekijä Jiang, Sulin, Tovchigrechko, Andrei, Vakser, Ilya A.
Julkaistu 2003

Dockground protein–protein docking decoy set

Tekijä Liu, Shiyong, Gao, Ying, Vakser, Ilya A.
Julkaistu 2008

Docking of protein models

Tekijä Tovchigrechko, Andrei, Wells, Christopher A., Vakser, Ilya A.
Julkaistu 2002

GWIDD: Genome-wide protein docking database

Tekijä Kundrotas, Petras J., Zhu, Zhengwei, Vakser, Ilya A.
Julkaistu 2010

Protein Docking by the Interface Structure Similarity: How Much Structure Is Needed?

Tekijä Sinha, Rohita, Kundrotas, Petras J., Vakser, Ilya A.
Julkaistu 2012

GWIDD: a comprehensive resource for genome-wide structural modeling of protein-protein interactions

Tekijä Kundrotas, Petras J, Zhu, Zhengwei, Vakser, Ilya A
Julkaistu 2012

Structural templates for modeling homodimers

Tekijä Kundrotas, Petras J, Vakser, Ilya A, Janin, Joël
Julkaistu 2013