GO FEAT: a rapid web-based functional annotation tool for genomic and transcriptomic data

Por Araujo, Fabricio Almeida, Barh, Debmalya, Silva, Artur, Guimarães, Luis, Ramos, Rommel Thiago Juca
Publicado no Sci Rep (2018)

Simplifier: a web tool to eliminate redundant NGS contigs

Por Ramos, Rommel Thiago Jucá, Carneiro, Adriana Ribeiro, Azevedo, Vasco, Schneider, Maria Paula, Barh, Debmalya, Silva, Artur
Publicado em 2012

AutoAssemblyD: a graphical user interface system for several genome assemblers

Por Veras, Adonney Allan de Oliveira, de Sá, Pablo Henrique Caracciolo Gomes, Azevedo, Vasco, Silva, Artur, Ramos, Rommel Thiago Jucá
Publicado em 2013

Graphical contig analyzer for all sequencing platforms (G4ALL): a new stand-alone tool for finishing and draft generation of bacterial genomes

Por Ramos, Rommel Thiago Jucá, Carneiro, Adriana R, Caracciolo, Pablo H, Azevedo, Vasco, Schneider, Maria Paula C, Barh, Debmalya, Silva, Artur
Publicado em 2013

Genome informatics and vaccine targets in Corynebacterium urealyticum using two whole genomes, comparative genomics, and reverse vaccinology

Por Guimarães, Luis Carlos, Soares, Siomar de Castro, Trost, Eva, Blom, Jochen, Ramos, Rommel Thiago Jucá, Silva, Artur, Barh, Debmalya, Azevedo, Vasco
Publicado no BMC Genomics (2015)

Draft Genome Sequence of Haloferax sp. Strain ATB1, Isolated from a Semi-Arid Region in the Brazilian Caatinga

Por Castro, Wendel de Oliveira, Torres-Ballesteros, Adriana Maria, Nakayama, Cristina Rossi, Melo, Itamar Soares, Pellizari, Vivian Helena, Silva, Artur, Ramos, Rommel Thiago Jucá
Publicado em 2014

Draft Genome Sequence of the Picocyanobacterium Synechococcus sp. Strain GFB01, Isolated from a Freshwater Lagoon in the Brazilian Amazon

Por Guimarães, Pedro Ivo, Leão, Tiago Ferreira, de Melo, Aline Grasielle Costa, Ramos, Rommel Thiago Jucá, Silva, Artur, Fiore, Marli Fatima, Schneider, Maria Paula Cruz
Publicado no Genome Announc (2015)

DISMIRA: Prioritization of disease candidates in miRNA-disease associations based on maximum weighted matching inference model and motif-based analysis

Por Nalluri, Joseph J, Kamapantula, Bhanu K, Barh, Debmalya, Jain, Neha, Bhattacharya, Antaripa, de Almeida, Sintia Silva, Juca Ramos, Rommel Thiago, Silva, Artur, Azevedo, Vasco, Ghosh, Preetam
Publicado no BMC Genomics (2015)

Draft Genome Sequence of the N(2)-Fixing Cyanobacterium Nostoc piscinale CENA21, Isolated from the Brazilian Amazon Floodplain

Por Leão, Tiago, Guimarães, Pedro Ivo, de Melo, Aline Grasielle Costa, Ramos, Rommel Thiago Jucá, Leão, Pedro Nuno, Silva, Artur, Fiore, Marli Fatima, Schneider, Maria Paula Cruz
Publicado no Genome Announc (2016)

Inside the Pan-genome - Methods and Software Overview

Por Guimarães, Luis Carlos, Florczak-Wyspianska, Jolanta, de Jesus, Leandro Benevides, Viana, Marcus Vinícius Canário, Silva, Artur, Ramos, Rommel Thiago Jucá, Soares, Siomar de Castro, Soares, Siomar de Castro
Publicado no Curr Genomics (2015)

Tips and tricks for the assembly of a Corynebacterium pseudotuberculosis genome using a semiconductor sequencer

Por Ramos, Rommel Thiago Jucá, Carneiro, Adriana Ribeiro, Soares, Siomar de Castro, dos Santos, Anderson Rodrigues, Almeida, Sintia, Guimarães, Luis, Figueira, Flávia, Barbosa, Eudes, Tauch, Andreas, Azevedo, Vasco, Silva, Artur
Publicado em 2013

Draft Genome Sequence of Mycobacterium abscessus subsp. bolletii INCQS 00594

Por Leão, Sylvia Cardoso, Matsumoto, Cristianne Kayoko, Viana-Niero, Cristina, Ramos, Rommel Thiago Jucá, Carneiro, Adriana Ribeiro, Barbosa, Maria Silvanira, Lima, Karla Valéria Batista, Lopes, Maria Luiza, Azevedo, Vasco, Silva, Artur
Publicado em 2013

FunSys: Software for functional analysis of prokaryotic transcriptome and proteome

Por de Sá, Pablo, Pinto, Anne, Ramos, Rommel Thiago Jucá, Coimbra, Nilson, Baraúna, Rafael, Dall'Agnol, Hivana, Carneiro, Adriana, Ranieri, Alex, Valadares, Agenor, Azevedo, Vasco, Schneider, Maria Paula, Barh, Debmalya, Silva, Artur
Publicado em 2012

Draft Genome Sequence of Serratia fonticola LMG 7882(T) Isolated from Freshwater

Por Carneiro, Adriana Ribeiro, Jucá Ramos, Rommel Thiago, Baraúna, Rafael Azevedo, de Sá, Pablo Henrique, Marinho Almeida, Diogo, Barbosa, Silvanira, Pereira, Anabela, Alves, Artur, Egas, Conceição, Correia, António, Henriques, Isabel, Silva, Artur
Publicado em 2013

Genome of Leptospira borgpetersenii strain 4E, a highly virulent isolate obtained from Mus musculus in southern Brazil

Por Eslabão, Marcus Redü, Kremer, Frederico Schmitt, Ramos, Rommel Thiago Juca, da Silva, Artur Luiz da Costa, Azevedo, Vasco Ariston de Carvalho, Pinto, Luciano da Silva, da Silva, Éverton Fagonde, Dellagostin, Odir Antônio
Publicado no Mem Inst Oswaldo Cruz (2018)

The Detection and Sequencing of a Broad-Host-Range Conjugative IncP-1β Plasmid in an Epidemic Strain of Mycobacterium abscessus subsp. bolletii

Por Leão, Sylvia Cardoso, Matsumoto, Cristianne Kayoko, Carneiro, Adriana, Ramos, Rommel Thiago, Nogueira, Christiane Lourenço, Junior, James Daltro Lima, Lima, Karla Valéria, Lopes, Maria Luiza, Schneider, Horacio, Azevedo, Vasco Ariston, da Costa da Silva, Artur
Publicado em 2013

Correction: The Detection and Sequencing of a Broad-Host-Range Conjugative IncP-1β Plasmid in an Epidemic Strain of Mycobacterium abscessus subsp. bolletii

Por Leão, Sylvia Cardoso, Matsumoto, Cristianne Kayoko, Carneiro, Adriana, Ramos, Rommel Thiago, Nogueira, Christiane Lourenço, Junior, James Daltro Lima, Lima, Karla Valéria, Lopes, Maria Luiza, Schneider, Horacio, Azevedo, Vasco Ariston, da Costa da Silva, Artur
Publicado em 2013

Draft Genome Sequence of Serratia fonticola UTAD54, a Carbapenem-Resistant Strain Isolated from Drinking Water

Por Henriques, Isabel, Jucá Ramos, Rommel Thiago, Baraúna, Rafael Azevedo, de Sá, Pablo Henrique, Marinho Almeida, Diogo, Carneiro, Adriana Ribeiro, Barbosa, Silvanira, Pereira, Anabela, Alves, Artur, Saavedra, Maria José, Egas, Conceição, Silva, Artur, Correia, António
Publicado em 2013

Genome sequence of a multidrug-resistant Corynebacterium striatum isolated from bloodstream infection from a nosocomial outbreak in Rio de Janeiro, Brazil

Por Ramos, Juliana Nunes, Rodrigues, Izabel dos Santos, Baio, Paulo Victor Pereira, Veras, João Flávio Carneiro, Ramos, Rommel Thiago Jucá, Pacheco, Luis GC, Azevedo, Vasco Ariston, Hirata, Raphael, Marín, Michel Abanto, de Mattos-Guaraldi, Ana Luiza, Vieira, Verônica Viana
Publicado no Mem Inst Oswaldo Cruz (2018)

Draft Genome Sequence of Corynebacterium ulcerans FRC58, Isolated from the Bronchitic Aspiration of a Patient in France

Por Silva, Andréia do Socorro de Sousa, Baraúna, Rafael Azevedo, de Sá, Pablo Caracciolo Gomes, das Graças, Diego Assis, Carneiro, Adriana Ribeiro, Thouvenin, Maxime, Azevedo, Vasco, Badell, Edgar, Guiso, Nicole, da Silva, Artur Luiz da Costa, Ramos, Rommel Thiago Jucá
Publicado em 2014