The rise of the distributions: why non-normality is important for understanding the transcriptome and beyond

Bằng Mar, Jessica C.
Xuất bản năm Biophys Rev (2019)

Decomposition of Gene Expression State Space Trajectories

Bằng Mar, Jessica C., Quackenbush, John
Được phát hành 2009

Evaluating methods of inferring gene regulatory networks highlights their lack of performance for single cell gene expression data

Bằng Chen, Shuonan, Mar, Jessica C.
Xuất bản năm BMC Bioinformatics (2018)

Investigating transcriptome-wide sex dimorphism by multi-level analysis of single-cell RNA sequencing data in ten mouse cell types

Bằng Lu, Tianyuan, Mar, Jessica C.
Xuất bản năm Biol Sex Differ (2020)

Inferring steady state single-cell gene expression distributions from analysis of mesoscopic samples

Bằng Mar, Jessica C, Rubio, Renee, Quackenbush, John
Được phát hành 2006

INVESTIGATING DYNAMICS OF AGE-ASSOCIATED TRANSCRIPTIONAL NETWORKS WITH INTERVENTIONS TARGETING AGING

Bằng Kulkarni, Ameya S, Mar, Jessica C, Barzilai, Nir
Xuất bản năm Innov Aging (2019)

Defining an informativeness metric for clustering gene expression data

Bằng Mar, Jessica C., Wells, Christine A., Quackenbush, John
Được phát hành 2011

Investigating skewness to understand gene expression heterogeneity in large patient cohorts

Bằng Church, Benjamin V., Williams, Henry T., Mar, Jessica C.
Xuất bản năm BMC Bioinformatics (2019)

Bayesian and maximum likelihood phylogenetic analyses of protein sequence data under relative branch-length differences and model violation

Bằng Mar, Jessica C, Harlow, Timothy J, Ragan, Mark A
Được phát hành 2005

Protein-Protein interactions uncover candidate ‘core genes’ within omnigenic disease networks

Bằng Ratnakumar, Abhirami, Weinhold, Nils, Mar, Jessica C., Riaz, Nadeem
Xuất bản năm PLoS Genet (2020)

Identification of a novel subgroup of endometrial cancer patients with loss of thyroid hormone receptor beta expression and improved survival

Bằng Piqué, Daniel G., Greally, John M., Mar, Jessica C.
Xuất bản năm BMC Cancer (2020)

Single-cell transcriptogenomics reveals transcriptional exclusion of ENU-mutated alleles

Bằng Li, Wenge, Calder, R. Brent, Mar, Jessica C., Vijg, Jan
Xuất bản năm Mutat Res (2015)

attract: A Method for Identifying Core Pathways That Define Cellular Phenotypes

Bằng Mar, Jessica C., Matigian, Nicholas A., Quackenbush, John, Wells, Christine A.
Được phát hành 2011

Not just a colourful metaphor: modelling the landscape of cellular development using Hopfield networks

Bằng Fard, Atefeh Taherian, Srihari, Sriganesh, Mar, Jessica C, Ragan, Mark A
Xuất bản năm NPJ Syst Biol Appl (2016)

A novel approach to modelling transcriptional heterogeneity identifies the oncogene candidate CBX2 in invasive breast carcinoma

Bằng Piqué, Daniel G., Montagna, Cristina, Greally, John M., Mar, Jessica C.
Xuất bản năm Br J Cancer (2019)

Estrogen activates Alzheimer's disease genes

Bằng Ratnakumar, Abhirami, Zimmerman, Samuel E., Jordan, Bryen A., Mar, Jessica C.
Xuất bản năm Alzheimers Dement (N Y) (2019)

pathVar: a new method for pathway-based interpretation of gene expression variability

Bằng de Torrente, Laurence, Zimmerman, Samuel, Taylor, Deanne, Hasegawa, Yu, Wells, Christine A., Mar, Jessica C.
Xuất bản năm PeerJ (2017)

The shape of gene expression distributions matter: how incorporating distribution shape improves the interpretation of cancer transcriptomic data

Bằng de Torrenté, Laurence, Zimmerman, Samuel, Suzuki, Masako, Christopeit, Maximilian, Greally, John M., Mar, Jessica C.
Xuất bản năm BMC Bioinformatics (2020)

Single-Cell Gene Expression Profiles Define Self-Renewing, Pluripotent, and Lineage Primed States of Human Pluripotent Stem Cells

Bằng Hough, Shelley R., Thornton, Matthew, Mason, Elizabeth, Mar, Jessica C., Wells, Christine A., Pera, Martin F.
Được phát hành 2014

Variability of Gene Expression Identifies Transcriptional Regulators of Early Human Embryonic Development

Bằng Hasegawa, Yu, Taylor, Deanne, Ovchinnikov, Dmitry A., Wolvetang, Ernst J., de Torrenté, Laurence, Mar, Jessica C.
Xuất bản năm PLoS Genet (2015)