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MetaMarker: a pipeline for de novo discovery of novel metagenomic biomarkers

SUMMARY: We present MetaMarker, a pipeline for discovering metagenomic biomarkers from whole-metagenome sequencing samples. Different from existing methods, MetaMarker is based on a de novo approach that does not require mapping raw reads to a reference database. We applied MetaMarker on whole-metag...

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Detalhes bibliográficos
Publicado no:Bioinformatics
Main Authors: Koohi-Moghadam, Mohamad, Borad, Mitesh J, Tran, Nhan L, Swanson, Kristin R, Boardman, Lisa A, Sun, Hongzhe, Wang, Junwen
Formato: Artigo
Idioma:Inglês
Publicado em: Oxford University Press 2019
Assuntos:
Acesso em linha:https://ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6761932/
https://ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30825371
https://ncbi.nlm.nih.govhttp://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btz123
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