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Lessons learned from comparing molecular dynamics engines on the SAMPL5 dataset

We describe our efforts to prepare common starting structures and models for the SAMPL5 blind prediction challenge. We generated the starting input files and single configuration potential energies for the host-guest in the SAMPL5 blind prediction challenge for the GROMACS, AMBER, LAMMPS, DESMOND an...

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Detalhes bibliográficos
Publicado no:J Comput Aided Mol Des
Main Authors: Shirts, Michael R., Klein, Christoph, Swails, Jason M., Yin, Jian, Gilson, Michael K., Mobley, David L., Case, David A., Zhong, Ellen D.
Formato: Artigo
Idioma:Inglês
Publicado em: 2016
Assuntos:
Acesso em linha:https://ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5581938/
https://ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27787702
https://ncbi.nlm.nih.govhttp://dx.doi.org/10.1007/s10822-016-9977-1
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