تحميل...

Indexing Arbitrary-Length k-Mers in Sequencing Reads

We propose a lightweight data structure for indexing and querying collections of NGS reads data in main memory. The data structure supports the interface proposed in the pioneering work by Philippe et al. for counting and locating k-mers in sequencing reads. Our solution, PgSA (pseudogenome suffix a...

وصف كامل

محفوظ في:
التفاصيل البيبلوغرافية
الحاوية / القاعدة:PLoS One
المؤلفون الرئيسيون: Kowalski, Tomasz, Grabowski, Szymon, Deorowicz, Sebastian
التنسيق: Artigo
اللغة:Inglês
منشور في: Public Library of Science 2015
الموضوعات:
الوصول للمادة أونلاين:https://ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4504488/
https://ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26182400
https://ncbi.nlm.nih.govhttp://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0133198
الوسوم: إضافة وسم
لا توجد وسوم, كن أول من يضع وسما على هذه التسجيلة!