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SlideSort: all pairs similarity search for short reads

Motivation: Recent progress in DNA sequencing technologies calls for fast and accurate algorithms that can evaluate sequence similarity for a huge amount of short reads. Searching similar pairs from a string pool is a fundamental process of de novo genome assembly, genome-wide alignment and other im...

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ग्रंथसूची विवरण
मुख्य लेखकों: Shimizu, Kana, Tsuda, Koji
स्वरूप: Artigo
भाषा:Inglês
प्रकाशित: Oxford University Press 2011
विषय:
ऑनलाइन पहुंच:https://ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3035798/
https://ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21148542
https://ncbi.nlm.nih.govhttp://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btq677
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