DeepRepeat: direct quantification of short tandem repeats on signal data from nanopore sequencing

Abstract Despite recent improvements in basecalling accuracy, nanopore sequencing still has higher error rates on short-tandem repeats (STRs). Instead of using basecalled reads, we developed DeepRepeat which converts ionic current signals into red-green-blue channels, thus transforming the repeat de...

תיאור מלא

שמור ב:
מידע ביבליוגרפי
Main Authors: Li Fang, Qian Liu, Alex Mas Monteys, Pedro Gonzalez-Alegre, Beverly L. Davidson, Kai Wang
פורמט: Artigo
שפה:Inglês
יצא לאור: BMC 2022-04-01
סדרה:Genome Biology
נושאים:
Short tandem repeat
Nanopore sequencing
Deep learning
Telomeric repeat
גישה מקוונת:https://doi.org/10.1186/s13059-022-02670-6
תגים: הוספת תג
אין תגיות, היה/י הראשונ/ה לתייג את הרשומה!

פריטים דומים