DeepRepeat: direct quantification of short tandem repeats on signal data from nanopore sequencing

Abstract Despite recent improvements in basecalling accuracy, nanopore sequencing still has higher error rates on short-tandem repeats (STRs). Instead of using basecalled reads, we developed DeepRepeat which converts ionic current signals into red-green-blue channels, thus transforming the repeat de...

وصف كامل

محفوظ في:
التفاصيل البيبلوغرافية
المؤلفون الرئيسيون: Li Fang, Qian Liu, Alex Mas Monteys, Pedro Gonzalez-Alegre, Beverly L. Davidson, Kai Wang
التنسيق: Artigo
اللغة:Inglês
منشور في: BMC 2022-04-01
سلاسل:Genome Biology
الموضوعات:
Short tandem repeat
Nanopore sequencing
Deep learning
Telomeric repeat
الوصول للمادة أونلاين:https://doi.org/10.1186/s13059-022-02670-6
الوسوم: إضافة وسم
لا توجد وسوم, كن أول من يضع وسما على هذه التسجيلة!

مواد مشابهة