CIDR: Ultrafast and accurate clustering through imputation for single-cell RNA-seq data

Abstract Most existing dimensionality reduction and clustering packages for single-cell RNA-seq (scRNA-seq) data deal with dropouts by heavy modeling and computational machinery. Here, we introduce CIDR (Clustering through Imputation and Dimensionality Reduction), an ultrafast algorithm that uses a...

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Detalhes bibliográficos
Main Authors: Peijie Lin, Michael Troup, Joshua W. K. Ho
Formato: Artigo
Idioma:Inglês
Publicado em: BMC 2017-03-01
Colecção:Genome Biology
Assuntos:
Single-cell
scRNA-seq
Dropout
Imputation
Dimensionality reduction
Clustering
Acesso em linha:http://link.springer.com/article/10.1186/s13059-017-1188-0
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