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Protocol to process crosslinking and immunoprecipitation data into annotated binding sites

Summary: Here, we present a protocol for using Skipper, a pipeline designed to process crosslinking and immunoprecipitation (CLIP) data into annotated binding sites. We describe steps for partitioning annotated transcript regions and fitting data to a beta-binomial model to call windows of enriched...

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Principais autores: Shuhao Xu, Grady G. Nguyen, Jack T. Naritomi, Hema M. Kopalle, Brian A. Yee, Katherine L. Rothamel, Evan A. Boyle, Gene W. Yeo
Formato: Artigo
Idioma:Inglês
Publicado em: Elsevier 2024-06-01
coleção:STAR Protocols
Assuntos:
Bioinformatics
Sequence analysis
Genomics
RNA-seq
Gene Expression
Acesso em linha:http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2666166724002053
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