bettercallsal: better calling of Salmonella serotypes from enrichment cultures using shotgun metagenomic profiling and its application in an outbreak setting

Most current Salmonella subtyping analyses rely on whole genome sequencing (WGS), which focuses on the high-resolution analysis of single genomes or multiple single genomes from the isolated colonies on microbiological agar plates. In this study, we introduce bioinformatics innovations for a metagen...

Szczegółowa specyfikacja

Opis bibliograficzny

Główni autorzy:	Kranti Konganti, Elizabeth Reed, Mark Mammel, Tunc Kayikcioglu, Rachel Binet, Karen Jarvis, Christina M. Ferreira, Rebecca L. Bell, Jie Zheng, Amanda M. Windsor, Andrea Ottesen, Christopher J. Grim, Padmini Ramachandran
Format:	Artigo
Język:	Inglês
Wydane:	Frontiers Media S.A. 2023-08-01
Seria:	Frontiers in Microbiology
Hasła przedmiotowe:	metagenomics Salmonella BAM quasi-metagenomics foodborne
Dostęp online:	https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2023.1200983/full
Etykiety:	Dodaj etykietę Nie ma etykietki, Dołącz pierwszą etykiete!