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Pattern matching with Elastic-Degenerate strings and Elastic-Founder graphs

Abstract Elastic Degenerate (ED) strings and Elastic Founder (EF) graphs, here collectively named variable strings, are two representations of acyclic components of pangenomes which extend the well-known notion of indeterminate string. Recent studies have focused extensively on algorithmic tasks inv...

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Principais autores: Rocco Ascone, Giulia Bernardini, Alessio Conte, Massimo Equi, Esteban Gabory, Roberto Grossi, Nadia Pisanti
Formato: Artigo
Idioma:Inglês
Publicado em: BMC 2026-04-01
coleção:Algorithms for Molecular Biology
Assuntos:
Pangenomics
Pattern matching
Degenerate string
Founder graph
Fine-grained complexity
Genome variant
Acesso em linha:https://doi.org/10.1186/s13015-025-00289-3
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