Treatment of flexibility of protein backbone in simulations of protein–ligand interactions using steered molecular dynamics

Abstract To ensure that an external force can break the interaction between a protein and a ligand, the steered molecular dynamics simulation requires a harmonic restrained potential applied to the protein backbone. A usual practice is that all or a certain number of protein’s heavy atoms or Cα atom...

সম্পূর্ণ বিবরণ

গ্রন্থ-পঞ্জীর বিবরন

প্রধান লেখক:	Duc Toan Truong, Kiet Ho, Dinh Quoc Huy Pham, Mateusz Chwastyk, Thai Nguyen-Minh, Minh Tho Nguyen
বিন্যাস:	Artigo
ভাষা:	Inglês
প্রকাশিত:	Nature Portfolio 2024-05-01
মালা:	Scientific Reports
বিষয়গুলি:	Protein–ligand complexes Protein flexibility Ligand affinities Ligand release Steered molecular dynamics simulations Restrain modes
অনলাইন ব্যবহার করুন:	https://doi.org/10.1038/s41598-024-59899-3
ট্যাগগুলো:	ট্যাগ যুক্ত করুন কোনো ট্যাগ নেই, প্রথমজন হিসাবে ট্যাগ করুন!