A fully featured COMBINE archive of a simulation study on syncytial mitotic cycles in Drosophila embryos

Bằng Scharm, Martin, Waltemath, Dagmar
Xuất bản năm F1000Res (2016)

Combining computational models, semantic annotations and simulation experiments in a graph database

Bằng Henkel, Ron, Wolkenhauer, Olaf, Waltemath, Dagmar
Xuất bản năm Database (Oxford) (2015)

An algorithm to detect and communicate the differences in computational models describing biological systems

Bằng Scharm, Martin, Wolkenhauer, Olaf, Waltemath, Dagmar
Xuất bản năm Bioinformatics (2016)

COMODI: an ontology to characterise differences in versions of computational models in biology

Bằng Scharm, Martin, Waltemath, Dagmar, Mendes, Pedro, Wolkenhauer, Olaf
Xuất bản năm J Biomed Semantics (2016)

SED-ML web tools: generate, modify and export standard-compliant simulation studies

Bằng Bergmann, Frank T, Nickerson, David, Waltemath, Dagmar, Scharm, Martin
Xuất bản năm Bioinformatics (2017)

Quick tips for creating effective and impactful biological pathways using the Systems Biology Graphical Notation

Bằng Touré, Vasundra, Le Novère, Nicolas, Waltemath, Dagmar, Wolkenhauer, Olaf
Xuất bản năm PLoS Comput Biol (2018)

Annotation-based feature extraction from sets of SBML models

Bằng Alm, Rebekka, Waltemath, Dagmar, Wolfien, Markus, Wolkenhauer, Olaf, Henkel, Ron
Xuất bản năm J Biomed Semantics (2015)

Initiatives, Concepts, and Implementation Practices of FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, and Reusable) Data Principles in Health Data Stewardship Practice: Protocol for a...

Bằng Inau, Esther Thea, Sack, Jean, Waltemath, Dagmar, Zeleke, Atinkut Alamirrew
Xuất bản năm JMIR Res Protoc (2021)

Ranked retrieval of Computational Biology models

Bằng Henkel, Ron, Endler, Lukas, Peters, Andre, Le Novère, Nicolas, Waltemath, Dagmar
Được phát hành 2010

Notions of similarity for systems biology models

Bằng Henkel, Ron, Hoehndorf, Robert, Kacprowski, Tim, Knüpfer, Christian, Liebermeister, Wolfram, Waltemath, Dagmar
Xuất bản năm Brief Bioinform (2016)

Notions of similarity for systems biology models

Bằng Henkel, Ron, Hoehndorf, Robert, Kacprowski, Tim, Knüpfer, Christian, Liebermeister, Wolfram, Waltemath, Dagmar
Xuất bản năm Brief Bioinform (2017)

Identifying frequent patterns in biochemical reaction networks: a workflow

Bằng Lambusch, Fabienne, Waltemath, Dagmar, Wolkenhauer, Olaf, Sandkuhl, Kurt, Rosenke, Christian, Henkel, Ron
Xuất bản năm Database (Oxford) (2018)

Open modeling and exchange (OMEX) metadata specification version 1.0

Bằng Neal, Maxwell L., Gennari, John H., Waltemath, Dagmar, Nickerson, David P., König, Matthias
Xuất bản năm J Integr Bioinform (2020)

Evolution of computational models in BioModels Database and the Physiome Model Repository

Bằng Scharm, Martin, Gebhardt, Tom, Touré, Vasundra, Bagnacani, Andrea, Salehzadeh-Yazdi, Ali, Wolkenhauer, Olaf, Waltemath, Dagmar
Xuất bản năm BMC Syst Biol (2018)

STON: exploring biological pathways using the SBGN standard and graph databases

Bằng Touré, Vasundra, Mazein, Alexander, Waltemath, Dagmar, Balaur, Irina, Saqi, Mansoor, Henkel, Ron, Pellet, Johann, Auffray, Charles
Xuất bản năm BMC Bioinformatics (2016)

Towards standardization guidelines for in silico approaches in personalized medicine

Bằng Brunak, Søren, Bjerre Collin, Catherine, Eva Ó Cathaoir, Katharina, Golebiewski, Martin, Kirschner, Marc, Kockum, Ingrid, Moser, Heike, Waltemath, Dagmar
Xuất bản năm J Integr Bioinform (2020)

Simulation Experiment Description Markup Language (SED-ML) Level 1 Version 3 (L1V3)

Bằng Bergmann, Frank T., Cooper, Jonathan, König, Matthias, Moraru, Ion, Nickerson, David, Le Novère, Nicolas, Olivier, Brett G., Sahle, Sven, Smith, Lucian, Waltemath, Dagmar
Xuất bản năm J Integr Bioinform (2018)

Specifications of Standards in Systems and Synthetic Biology

Bằng Schreiber, Falk, Bader, Gary D., Golebiewski, Martin, Hucka, Michael, Kormeier, Benjamin, Le Novère, Nicolas, Myers, Chris, Nickerson, David, Sommer, Björn, Waltemath, Dagmar, Weise, Stephan
Xuất bản năm J Integr Bioinform (2015)

Specifications of Standards in Systems and Synthetic Biology: Status and Developments in 2019

Bằng Schreiber, Falk, Sommer, Björn, Bader, Gary D., Gleeson, Padraig, Golebiewski, Martin, Hucka, Michael, Keating, Sarah M., König, Matthias, Myers, Chris, Nickerson, David, Waltemath, Dagmar
Xuất bản năm J Integr Bioinform (2019)

Specifications of standards in systems and synthetic biology: status and developments in 2020

Bằng Schreiber, Falk, Sommer, Björn, Czauderna, Tobias, Golebiewski, Martin, Gorochowski, Thomas E., Hucka, Michael, Keating, Sarah M., König, Matthias, Myers, Chris, Nickerson, David, Waltemath, Dagmar
Xuất bản năm J Integr Bioinform (2020)