Molecular Dynamics/Order Parameter eXtrapolation (MD/OPX) for Bionanosystem Simulations

von Miao, Yinglong, Ortoleva, Peter J.
Veröffentlicht 2009

Nanosystem Self-Assembly Pathways Discovered via All-Atom Multiscale Analysis

von Pankavich, Stephen D., Ortoleva, Peter J.
Veröffentlicht 2012

Variational methods for time-dependent classical many-particle systems

von Sereda, Yuriy V., Ortoleva, Peter J.
Veröffentlicht 2013

Multiscale Factorization Method for Simulating Mesoscopic Systems with Atomic Precision

von Abi Mansour, Andrew, Ortoleva, Peter J.
Veröffentlicht 2014

Hierarchical Order Parameters for Macromolecular Assembly Simulations I: Construction and Dynamical Properties of Order Parameters

von Singharoy, Abhishek, Sereda, Yuriy, Ortoleva, Peter J.
Veröffentlicht 2012

Transcriptional regulatory network refinement and quantification through kinetic modeling, gene expression microarray data and information theory

von Sayyed-Ahmad, Abdallah, Tuncay, Kagan, Ortoleva, Peter J
Veröffentlicht 2007

All-atom Multiscale Simulation of Cowpea Chlorotic Mottle Virus Capsid Swelling

von Miao, Yinglong, Johnson, John E., Ortoleva, Peter J.
Veröffentlicht 2010

Space Warping Order Parameters and Symmetry: Application to Multiscale Simulation of Macromolecular Assemblies

von Singharoy, Abhishek, Joshi, Harshad, Miao, Yinglong, Ortoleva, Peter J.
Veröffentlicht in J Phys Chem B (2012)

Discovering Free Energy Basins for Macromolecular Systems via Guided Multiscale Simulation

von Sereda, Yuriy V., Singharoy, Abhishek B., Jarrold, Martin F., Ortoleva, Peter J.
Veröffentlicht 2012

Multiscale Simulation of Microbe Structure and Dynamics

von Joshi, Harshad, Singharoy, Abhishek, Sereda, Yuriy V., Cheluvaraja, Srinath C., Ortoleva, Peter J.
Veröffentlicht 2011