Identificación y caracterización in silico de la zona de interación entre el péptido beta-amiloide y compuestos derivados del naftaleno - Alberto Bencomo-Martínez (Revista CENIC. Ciencias Químicas, 2012)
La enfermedad de Alzheimer (EA) es un desorden neurodegenerativo caracterizado por la acumulación de placas amiloides en el cerebro. Es la principal causa de demencia en los ancianos y no existe ningún tratamiento disponible contra ella. Evidencias recientes sugieren que la agregación del péptido β-amiloide (Aβ) desempeña un papel esencial en el desarrollo de la enfermedad, por lo que el estudio de las interacciones del Aβ con compuestos inhibidores de la agregación a nivel atómico es fundamental para el desarrollo de nuevas herramientas para el diagnóstico y tratamiento de la enfermedad. En este trabajo se utilizaron técnicas de acoplamiento (Autodock Vina), para identificar y caracterizar sitios potenciales de interacción del Aβ con dos series de compuestos derivados del naftaleno (CDN) con posible actividad inhibidora de la formación de agregados, una obtenida previamente por métodos QSAR (Quantitative structure–activity relationship) (I) y otra diseñada y sintetizada en el laboratorio (II). Las simulaciones fueron hechas contra las 10 configuraciones de RMN del Aβ tomadas del Protein Data Bank (PDB, código 1IYT). Con el objetivo de validar este procedimiento se reprodujo satisfactoriamente la afinidad entre la estructura reportada del Aβ y los pentapéptidos GVVIA y RVVIA. Los resultados sugieren que estos compuestos interactúan preferentemente con los aminoácidos S8 G9 E11-H13 Q15-L17 F19, región que ha sido reportada como crucial en la agregación. Finalmente, se evaluó por docking proteína-proteína (Rosetta+) el complejo formado por dos péptidos Aβ. Todos estos estudios sugieren que los CDN y los pentapéptidos su unen al Aβ en la misma zona de interacción Aβ/Aβ.