Vigilância genômica das recentes epidemias de febre amarela no Brasil - Menezes, Mariane Talon de (UFRJ, 2019)
[PT] A Febre Amarela é uma doença causada pelo vírus da Febre Amarela (YFV), membro protótipo da família Flaviviridae e gênero Flavivirus. Este é um vírus envelopado que contém seu genoma composto por um RNA fita simples de polaridade positiva. O vírus da Febre Amarela é um arbovírus, uma vez que é transmitido pela picada de mosquitos. Sua transmissão pode ocorrer de duas formas: pelo ciclo silvestre, onde o humano atua como um hospedeiro acidental, e pelo ciclo urbano, onde o humano funciona de forma ativa no ciclo, ocorrendo a transmissão entre humanos virêmicos. Entre 2017 e 2018 o Brasil reportou uma de suas maiores epidemias de Febre Amarela durante décadas, principalmente na região Sudeste do país, onde registrou-se 2153 casos humanos e 744 mortes. Para combater tal epidemia, mais de 17,5 milhões de doses da vacina 17DD foram administradas. Esta, é composta por uma vacina de vírus atenuado, onde uma mínima proporção de reações adversas brandas e graves são descritas. Estes podem se apresentar como a doença viscerotrópica associada à vacinação e a doença neurotrópica associada à vacinação. O presente estudo tem como objetivo realizar uma vigilância genômica dos casos de Febre Amarela correspondentes a epidemia de 2017-2018, assim como analisar casos suspeitos de efeito adverso à vacina. Para isso desenvolvemos uma estratégia de sequenciamento de YFV através de amplicons curtos utilizando iniciadores que cobrem todo o genoma viral. Dessa forma, 30 genomas virais completos foram obtidos por diferentes estratégias de sequenciamento de nova geração (IonTorrent e MIseq), sendo 46,6% provenientes de primatas não humanos e 53,3% provenientes de humanos. Destes, 13 eram provenientes de casos humanos com desfecho clínico grave, suspeitos de efeito adverso à vacinação.Entretanto, apenas um paciente foi caracterizado como reação adversa, uma vez que neste foi identificado polimorfismos virais correspondentes a cepa vacinal, demonstrando a segurança da vacina 17DD. As análises epidemiológica, filogenética e filogeográfica demonstraram uma correlação entre os casos humanos e sequências oriundas de primatas não humanos da mesma região, além de uma incidência maior da doença em homens trabalhadores rurais que invadem ambientes silvestres, caracterizando o ciclo silvestre de transmissão. Tais vírus se mostraram pertencentes ao genótipo Sul Americano I, tendo um ancestral comum com uma amostra proveniente da região Norte do Brasil. Os resultados aqui apresentados são de extrema importância para a vigilância genômica de epidemias virais a serem avaliados pelo sistema de saúde pública do nosso país reforçando a eficácia e segurança da vacinação como estratégia de prevenção.[EN] Yellow Fever is a disease caused by the Yellow Fever virus (YFV), a prototype member of Flaviviridae family and Flavivirus genus. YFV is an enveloped virus that contains a singlestrand RNA genome. The YFV is an arbovirus transmitted by mosquito bites. The transmission may occur in two different routes: sylvatic cycle, where humans acts as an accidental host, and urban cycle, where transmission occurs among viremic humans. Between 2017 and 2018, Brazil experience one of its largest yellow fever outbreak, mainly in the Southeast region of the country, with more than 2153 infected humans, causing 744 deaths. To combat this epidemic, more than 17.5 million of 17DD vaccine doses were administered. This is a virus-attenuated vaccine, with a minimal proportion of adverse reactions. Adverse events can occur as a visceral disease or as a neurotropic. The present study aims to perform a genomic surveillance of the Yellow Fever cases in the 2017-2018 Brazilian outbreak, and analyze the suspected cases of side effect following the vaccination. For that, we developed an YFV whole genome sequencing strategy through short amplicons method, using primers that cover the viral genome. We sequenced up to 30 viral whole genomes by two next generation sequence strategies (IonTorrent and MiSeq), with 46,6% genomes from non-human primates and 53,3% from humans. Of these, 13 had a severe clinical outcome with suspicion of side effect following the vaccination.However, we found vaccine associated polymorphisms in only one patient demonstrating the safety of the 17DD vaccine. Epidemiological, phylogenetic and phylogeography analysis demonstrated similarities between humans and non-humans primates sequences from the same region, as well as a greater intensity of the disease occurrence in rural workers who invade the wild environments, characterizing the sylvatic cycle of transmission. These viruses clustered with South America genotype I, with a common ancestor in the north region of Brazil. These results are very important for the genomic surveillance of viral epidemics and reinforce the efficiency of yellow fever vaccination to prevent new outbreaks.